交叉孔会形成三维边缘结构，而且相交线上每点的毛刺厚度和高度都各不相同，这意味着基于相同大小毛刺的去毛刺工艺可能效果不佳。
　　除了旋转式手持工具和一些用去毛刺工具以外，热能去毛刺也是一种适合许多金属零件交叉孔（包括小直径孔）的去毛刺方法。如果需要对交叉孔进行表面精整加工，采用电化学去毛刺方法也能在零件结构上获得高质量边缘。对于大直径交叉孔，使用填充了磨料的橡胶或纸制弹头型工具，可以完成去毛刺加工。
　　当孔的直径小于3.175mm、深度大于10倍直径时，去毛刺加工将变得具有挑战性，因为大多数去毛刺工具或工艺方法很难进入这些既深又小的交叉孔中。例如，清理汽车发动机曲轴中交叉深孔的毛刺难度很大，而生产节拍对去毛刺的速度要求使其难上加难，因为通常要在4秒钟或短时间内完成去毛刺加工。